要保证洁净室系统空气供应的洁净度符合要求，关键是净化系统过滤器的性能和安装。
净化系统的过滤器一般采用高效过滤器或次高效过滤器。根据我国标准，高效过滤器的效率可分为四个等级:A级≥99.9%，B级≥99.9%，C级≥ 99.99%，D级≥99.999%(也称超高效过滤器)。次高效过滤器为95~99.9%(针对颗粒≥0.5μm)。效率越高，过滤器越贵。因此，过滤器的选择既要满足送风洁净度的要求，又要经济合理。考虑到洁净度要求，低级别洁净室宜采用低性能过滤器，别洁净室宜采用高性能过滤器。一般来说，100万级可以选择中高效过滤器；10000以下可选择亚高效或A级高效过滤器；1 ~100级选用b级过滤器；100~1级选用C级过滤器。这里似乎有两种类型的过滤器可供每个清洁度级别选择。高性能或低性能的选择视具体情况而定:当环境污染严重，或室内排风比例较大，或洁净室特别重要，要求安全系数较大时，应在一种或两种情况下选择高性能过滤器；相反，可以选择性能较低的滤波器。对于需要控制0.1μm颗粒的洁净室，无论控制的颗粒浓度如何，都应选择D级过滤器。以上只是从滤镜的角度来说。事实上，选择一个好的过滤器，要充分考虑洁净室、过滤器和净化系统的特点。
要保证送风的洁净度，只有合格的过滤器是不够的，还要保证:a.过滤器在运输和安装过程中不会被损坏；b.安装紧密。为此，要求施工和安装人员训练有素。他们不仅要有安装净化系统的知识，还要有更熟练的安装技能。否则，将很难保证过滤器不会被损坏。其次，安装的紧密程度主要取决于安装结构的优劣。设计手册一般建议单个过滤器采用明装方式，这样即使发生泄漏也不会漏到室内。采用成品高效送风口，密封性也容易保证。近年来，液罐密封和负压密封常用于多台过滤器的风。液罐密封必须保证液罐连接紧密，整个框架在同一水平面上。负压密封是指过滤器与静压箱、框架连接处的外周边处于负压状态，与开放式一样，即使泄漏也不会漏到室内。其实只要安装框是平的，滤芯的端面与安装框接触均匀，应该说任何安装方式都不难使滤芯达到安装密封性要求。
