空调系统、水和气体净化装置以及电气装置是洁净室的重要组成部分。他们的面积在洁净厂房建设中占有很大比重。这些洁净室的规模、设备特点、位置和配水网布置对洁净室的空间组合和规模影响很大。为了达到良好的使用效果和经济性，需要解决它们与生产工艺之间的布局关系。
1.集中设置。这类机房在厂区内的位置布置主要是针对生产工艺布置的特点和要求，以及供回风管道的长度。当厂房面积小、系统简单、管道穿越少时，风干管可布置在上部工艺夹层内；当车间面积较大且较长，或系统分区较多时，机房宜沿车间长边布置，各系统可直接与所服务的洁净室相对应布置；当采用顶部技术夹层时，回风干管的方向与屋顶承重构件的方向平行，可以分割利用空间。在一些洁净室工程中，机房设置在工艺夹层的顶部，既缩短了风道长度又节省了土地。
2.分散设置，厂房面积大或生产区域分散，使得机房集中安装难以安排。经过技术经济比较，也可以分成几个机房。在技改项目中，由于原有房屋空间的限制，需要在每个洁净室附近设置净化空调设备。分散设置的风管短小灵活，可以适应和利用原有的空间。但在实际应用中应充分考虑噪声和振动对产品生产可能造成的影响。
3.混合安装：在一些项目中，大多数洁净生产区安装的净化空调机组不仅采用集中式净化空调房间，而且在特定的局部空间采用分散式净化空调机组，以满足生产工艺的需要。它具有集中和分散的特点，更加经济灵活，满足产品生产的要求。
近年来，大规模集成电路生产的洁净室常采用隧道送风、集中送风和风机过滤单元(FFU)送风，各类机房布局基本采用“混合设置”模式，即新风处理器集中设置，循环风单元分散设置。
