影响紫外线消毒效果的因素有：
(1)灯的使用寿命：紫外线灯的能力随着使用寿命的增加而降低。一般紫外灯使用100h后的输出功率为额定输出功率，紫外灯达到70%额定功率时的点亮时间为平均寿命。国产紫外线灯的平均寿命约为2000h。
(2)环境条件：一般在环境温度为20℃，相对湿度为40~60%时，紫外线灯的效果更好。温度为0℃时，效果小于60%。
(3)照射距离：距灯管中心500mm以内，照射强度与距离成反比，500mm以上，照射强度与距离的平方成反比。
(4)菌种：由于细菌的膜结构和形态不同，紫外线对菌种的效果，即率也不同。如果假设辐照强度和辐照时间的乘积为辐照剂量，当大肠杆菌所需剂量为1时，葡萄球菌和结核分枝杆菌约需1~3，枯草芽孢杆菌及其芽孢和酵母菌约需4~8，霉菌约需2 ~ 50。
(5)安装方式：紫外线穿透率低，受屏蔽和安装方式影响较大。生物洁净室中，一般有吊灯、侧灯、吸顶灯等几种安装方式，其中吸顶灯的效果更好。
由于紫外线效果的限制和过程中对人体可能造成的伤害，很少使用紫外线灯对生物洁净室进行完全，仅在更衣室、洗衣房等部分房间或局部区域使用。目前紫外线消毒普遍采用气相循环消毒法结合暖通空调系统。
