洁净室按用途分类可分为两类：
1、工业洁净室
以无生命微粒的控制为对象。主要控制空气尘埃微粒对工作对象的污染，内部一般保持正压状态。它适用于精密机械工业、电子工业（半导体、集成电路等）宇航工业、高纯度化学工业、原子能工业、光磁产品工业（光盘、胶片、磁带生产）LCD（液晶玻璃）、电脑硬盘、电脑磁头生产等多行业。
2、生物洁净室
以控制有生命微粒（细菌）与无生命微粒（尘埃）对工作对象的污染。又可分为：
A.一般生物洁净室，主要控制微生物（细菌）对象的污染。同时其内部材料要能经受各种剂侵蚀，内部一般保持正压。实质上其内部材料要能经受各种处理的工业洁净室。
B.生物学安全洁净室：主要控制工作对象的有生命微粒对外界和人的污染。内部要保持与大气的负压。
