洁净室系统的工作内容包括空气净化处理，通过多级过滤系统去除空气中的颗粒物、微生物等污染物，维护送入室内的空气符合洁净度要求。同时，对室内温湿度进行调节，通过制冷、加热、加湿、除湿等设备，将温湿度控制在设定范围内，满足生产或实验需求。
压力控制也是重要工作内容，根据使用需求维持室内正压或负压，通过调节送风量与回风量的差值，实现压力稳定，防止污染空气侵入或扩散。系统还需进流组织调控，通过合理设计送回风装置，形成稳定的气流形态，维护洁净空气均匀分布，及时排出污染空气。
日常运行中，系统还需对设备运行状态进行监测，包括过滤器阻力、风机运行状态、温湿度参数等，保障系统稳定运行；同时，通过定期的维护保养，如更换过滤器、检查密封性能等，维持系统的净化效果和运行效率。
