洁净室系统设计的物料净化主要是针对原材料、半成品、工具和设备在运输和转移过程中的清洗。物料出入口和人员出入口应独立设置。
物料在清洗准备室清洗后，应如何继续运输？主要取决于产品生产工艺的要求，这直接影响清洗预备室的选址。物料一般要通过气闸室进入洁净室(区)，气闸室往往与洁净室(区)相邻或在洁净室(区)内，因此室内气压应与洁净生产区保持合理的压差。使净化空气从洁净生产区流向制备室。
如果车间的生产流程很强，或者为了防止不同级别的洁净室(区)之间的交叉污染或不必要的交叉污染，或者生产工艺需要，物料将按照规定的工艺流程通过传送窗或其他装置在洁净室之间顺序传送。
为了适应产品和中间产品工序间物料转移的不同情况，使用不同类型的转移窗口。一般是有两个平门的箱式转移窗，两个门常做成机械联锁开关，即当一个门关闭时，另一个门可以打开；有的简化为非环环相扣，依靠用户自己管理；在药品生产工厂中，紫外灯安装在箱体内，对传输的物料进行消毒；在频繁通断或长时间通断的情况下，有的甚至在箱内有带高效过滤器的空气幕。
直通式设备常用于无菌洁净室中转移材料。这些设备大多是用电热或蒸汽加热的。设备一端从无菌区开门，加热一段时间后，通过打开另一端的门，将物料输入，然后从无菌室取出。
此外，在流水线作业的过程中，有些需要在洁净的隔墙上打洞，通过墙体不断输出成品，因此孔洞成为室内净化的一个薄弱环节。一般的处理方法是增加室内正压，或者过河时在洞口上方设置空气幕装置；当运输小件物品时，例如在无菌室中分配瓶子时，传送带也可以设置在孔的两侧，孔中有紫外线灯，同时确保室内正压。
总之，在分区设计中要结合工艺流程、洁净空调系统的布置、物料转运的特点。同时，料网路线要简洁明了；避免往返、过度曲折、交叉；空间应尽可能开阔顺畅，并与安全出入口和游览路线一并考虑。
